Yakubova sinh năm 1869 trong một gia đình linh mục tại tỉnh Vologda, Đế quốc Nga.[1] Cha Yakubova, vốn là người phóng khoáng và yêu chiều con gái, gửi bà tới học trường cấp ba Mariinsky địa phương. Sau khi tốt nghiệp, vào mùa thu năm 1890, bà lên Sankt-Peterburg để nhập học Khoa Toán và Vật lý của Khóa Bestuzhev dành cho nữ sinh.[2]